Sześć dni po uruchomieniu strony, trzech studentów Harvardu, bracia Cameron i Tyler Winklevoss oraz Divya Narendra, oskarżyło Zuckerberga o celowe wprowadzenie ich w błąd, sugerując, że pomoże im zbudować sieć społecznościową o nazwie HarvardConnection.com, podczas gdy wykorzystał ich pomysł do stworzenia konkurencyjnego produktu. Trójka oskarżycieli poinformowała o sprawie gazetę The Harvard Crimson, która wszczęła dziennikarskie śledztwo. Zuckerberg próbował przekonać redaktorów, by porzucili sprawę, a także włamał się na dwa konta e-mail redaktorów, wykorzystując ich dane logowania z TheFacebook. Oskarżyciele złożyli pozew przeciwko Zuckerbergowi, który zakończył się ugodą w 2008 roku, przyznano im 65 milionów dolarów, część w gotówce, a część w akcjach Facebooka.
W 2004 r., będąc na drugim roku studiów, zrezygnował z nich, aby pracować nad TheFacebook. Latem tego samego roku przeniósł się z pozostałymi założycielami do kalifornijskiego Palo Alto w Dolinie Krzemowej, gdzie w wynajętym domu pracowali nad swoim serwisem. Wkrótce do zespołu dołączył Sean Parker, twórca Napstera, a współzałożyciel PayPala Peter Thiel zainwestował 500 tys. dolarów we wschodzący portal. W maju 2005 Facebook pozyskał 12,7 mln dolarów z funduszu wysokiego ryzyka.