uznał m.in., że sakrament Eucharystii ma wymiar jedynie symboliczny i nie odnosi się do rzeczywistej obecności Chrystusa. W 1525 Gnapheus ponownie został uwięziony, po opublikowaniu ulotki krytykującej życie zakonne. Więziony był w jednej celi z Janem Pistoriusem, zwolennikiem reformacji, we wrześniu 1525 spalonym na stosie; Gnapheus potraktowany został dużo łagodniej, skazany jedynie na trzy miesiące aresztu w jednym z klasztorów. Napisał w tym czasie dialog odnoszący się prześladowania protestantów w Holandii Een troost ende spiegel der siecken a. Tobias ende Lazarus, który okazał się jego jedyną pracą w ojczystym języku. Przygotował też biografię Pistoriusa, pierwszego protestanckiego męczennika na ziemi holenderskiej, wstrzymując się jednak z publikacją aż do 1546.
Po ponownym zwolnieniu z więzienia Gnapheus powrócił do pracy pedagogicznej, ale w obawie przed dalszymi prześladowaniami zrezygnował z kierowania szkołą w 1528 i przez pewien czas ukrywał się (publikując w tym okresie cenioną komedię szkolną Acolastus o synu marnotrawnym);