Zarządzał tymi ziemiami najpierw jako wikariusz, następnie jako markiz i ostatecznie jako gonfaloniere papieski.

Po upadku Republiki Ankony do 1797 Stopniowo miasta przejęte przez Sforzów powróciły w ręce papieskie. Od tego momentu historia Marchii Ankońskiej łączy się ściśle z historią Państwa Papieskiego. Dwa wydarzenia wpłynęły w znaczący sposób na umocnienie wpływów papieskich w Marchii: upadek Republiki Ankońskiej w 1532 oraz wymarcie dynastii Rovere w Księstwie Urbino w 1631.

Po nawale napoleońskiej Po przywróceniu zwierzchnictwa papieskiego w 1815 Marchia została podzielona na sześć delegacji (prowincji) ze stolicami w: Urbino, Ankonie, Camerino, Maceracie, Fermo i Ascoli Piceno. Podział ten był obowiązującym do jesieni 1860, gdy do Marchii przybyli żołnierze armii Księstwa Sabaudii-Piemontu.