Najazd Szwedów w 1655 roku przyniósł kres świetności tej królewskiej budowli. Zamek zamieniono na magazyn żywności, zniszczono kościół, złupiono miasto. Od połowy XVIII wieku zamek przejął król August Mocny później August III. Podjęto jedynie próby remontu. Po rozbiorze Polski w 1772 roku zamek wraz z miastem przeszedł pod panowanie Austrii. Austriacy zmienili wystrój zamku przeznaczając go na koszary, rozebrali też drugie piętro, wzmocnili mury skarpami i przyporami. W drugiej połowie XIX wieku do I wojny światowej zamek pełnił funkcje mieszkaniowe, magazynowe. W okresie międzywojennym i powojennym zamek pełnił funkcję obiektu użyteczności publicznej. W czasie wojny zamek przeszedł w ręce niemieckie. W okresie powojennym budowla popadała w ruinę. Od 1991 roku, kiedy stał się własnością Gminy Niepołomice, przystąpiono do kompleksowych prac renowacyjnych. Po kilku latach remontów i prac adaptacyjnych, trwających do 2007, królewska siedziba odzyskała swą dawną świetność.
Przez wieki zamek był rezydencją królów polskich. Obecnie zamek otwarty jest dla gości i turystów. Mieści się w nim także hotel i centrum konferencyjne. Od 2001 roku w komnatach zamkowych działa Muzeum Niepołomickie prezentujące wystawy malarstwa, łowiectwa, historii miasta oraz zbiory Włodzimierza Puchalskiego.