Współcześni historycy uważają, że sytuacja przed soborem oraz w trakcie obrad była o wiele bardziej złożona i niebezpieczna, niż przedstawił to Sokrates. Spór, który był początkowo dyskusją teologiczną, przekształcił się bowiem w konflikt polityczny. Konflikt ten eskalował w kilku prowincjach. Dążenia tych prowincji do utrzymania autonomii wobec władzy centralnej w Konstantynopolu, ich odrębne tradycje narodowe i intelektualne, a także ambicje lokalnych przywódców, doprowadziły do konfrontacji, która zagrażała integralności Cesarstwa Rzymskiego.
Badacze dziejów doktryny chrześcijańskiej uważali przez wieki, że spory chrystologiczne były logiczną konsekwencją dogmatów, które zostały przyjęte na soborze nicejskim w 325 roku. Uznanie doktryny św. biskupa Cyryla z Aleksandrii za ortodoksyjną było nieuchronne, gdyż wynikało z obiektywnych praw rządzących rozwojem teologii. Ten pogląd został zakwestionowany w drugiej połowie XX wieku. Kontrowersje chrystologiczne są analizowane we współczesnej nauce pod kątem tak zwanego rozwoju oscylującego. Według tego stanowiska, na soborze chalcedońskim, 20 lat po Efezie, próbowano wypracować kompromis. Przyjęto jako ortodoksyjne tezy i pojęcia wywodzące się z teologii abp. Nestoriusza. Jednak zarówno przeciwnicy, jak i zwolennicy Chalcedonu, powoływali się wyłącznie na autorytet św.