Roger Nilsen (ur. 8 października 1969 w Tromsø) – norweski piłkarz grający na pozycji lewego obrońcy. Jest starszym bratem Steinara Nilsena, byłego gracza Tromsø IL, A.C. Milan i SSC Napoli.
Kariera klubowa Pierwszym klubem Nilsena w karierze był mały amatorski zespół o nazwie Kvaløysletta IL. Jego pierwszym profesjonalnym klubem został Tromsø IL z rodzinnego miasta. W 1987 roku zadebiutował w jego barwach w pierwszej lidze, jednak przez dwa lata rozegrał tam tylko 4 spotkania i w 1989 roku przeszedł do Vikinga. Tam wywalczył miejsce w podstawowym składzie. W swoim pierwszym sezonie w Vikingu zdobył Puchar Norwegii, a w 1991 roku sięgnął po swój pierwszy tytuł mistrza Norwegii i pierwszy dla Vikinga od 9 lat.
Jesienią 1993 roku Nilsen został wypożyczony do niemieckiego 1. FC Köln, a w jego barwach zadebiutował 14 listopada w wygranym 1:0 domowym meczu z Bayerem 04 Leverkusen. W barwach klubu z Kolonii rozegrał 10 spotkań w Bundeslidze i zajął z nim 12. miejsce. Po sezonie wrócił do Vikinga i do końca roku grał w tym klubie.