Kampania bombardowań NATO do dziś pozostaje obiektem kontrowersji. Nie uzyskała ona zgody Rady Bezpieczeństwa ONZ i spowodowała śmierć co najmniej 488 jugosłowiańskich cywilów, w tym znaczną liczbę uchodźców z Kosowa.
W 2001 roku Sąd Najwyższy z siedzibą w Kosowie, administrowany przez ONZ, orzekł, że miała miejsce systematyczna kampania terroru, obejmująca morderstwa, gwałty, podpalenia i poważne represje wobec ludności albańskiej, a wojska jugosłowiańskie próbowały zmusić Albańczyków do opuszczenia Kosowa, lecz nie wytępić ich, a zatem nie było to ludobójstwo. Po wojnie sporządzono listę ponad 13 500 osób, które zginęły lub zaginęły podczas dwuletniego konfliktu. Siły jugosłowiańskie i serbskie spowodowały przemieszczenie się od 1,2 do 1,45 miliona Albańczyków z Kosowa. Po wojnie około 200 000 Serbów, Romów i innych osób niebędących Albańczykami uciekło z Kosowa, a wielu spośród pozostałych na miejscu padło ofiarą odwetowych represji władz kosowskich.
Armia Wyzwolenia Kosowa została rozwiązana wkrótce po zakończeniu wojny.