Począwszy od kolejnego konkursu regularnie zasiadał w gronie jego jury.
W czasie wojny, od 16 listopada 1939 prowadził w Warszawie kawiarnię z muzyką poważną, w której skupiała się działalność koncertowa i konspiracyjna środowiska muzycznego. Na początku lokal nosił nazwę „Dom Sztuki”, a w 1941 został przemianowany na „Kawiarnię prof. B. Woytowicza”. Woytowicz urządzał koncerty, pomagając w ten sposób artystom znajdującym się bez środków do życia. W kawiarni występowali m.in. Kazimierz Wiłkomirski, Eugenia Umińska, Irena Dubiska, duet fortepianowy Lutosławskiego i Panufnika, Zbigniew Drzewiecki, Jan Ekier, Ewa Bandrowska-Turska, Adam Didur, recitale dawał też sam Bolesław Woytowicz. Kawiarnia stanowiła jednocześnie miejsce spotkań muzyków prowadzących tajne nauczanie i uczestniczących w akcji oporu, była punktem kolportażu zakazanych ulotek i gazetek, „przechowalnią” dzieł sztuki, a nawet magazynem broni. W 1943 został aresztowany przez hitlerowców i osadzony na Pawiaku, gdzie spędził cztery tygodnie (od 22 maja do 23 czerwca 1943). Przeżycia z tego okresu opisał w opublikowanych po wojnie wspomnieniach (W okupowanej Warszawie). W powstaniu warszawskim zniszczeniu uległy 22 rękopisy jego utworów, w tym m.in. Koncert fortepianowy, Concertino na ork. i I symfonia.