To on, przez postawienie parafki „CL+” przy nazwisku, zatwierdzał wyroki śmierci dla polskich więźniów politycznych.

20-osobowy oddział dowodzony przez Kriminalrata Jakoba Lölgena odegrał z kolei kluczową rolę w prowadzonej od końca września 1939 r. akcji eksterminacyjnej w Bydgoszczy. Członkowie EK 16 brali udział w masowych obławach na przedstawicieli polskiej inteligencji oraz wchodzili w skład specjalnej komisji urzędującej w bydgoskim obozie dla internowanych, która decydowała o losie więźniów. Wskazani przez nią Polacy i Żydzi byli tysiącami rozstrzeliwani w odludnych miejscach w pobliżu Bydgoszczy, takich jak np. Las Gdański, lasy pod Tryszczynem i Borównem czy przede wszystkim – fordońska „Dolina Śmierci”. W raporcie sytuacyjnym z 17 listopada 1939 r., Lölgen mógł zameldować, iż: „W Bydgoszczy nie ma już inteligencji polskiej, która mogłaby działać aktywnie”.

SS-mani z EK 16 (oddział komisarza kryminalnego Leyera) wchodzili także w skład specjalnej komisji „selekcjonującej” więźniów obozu dla internowanych, utworzonego w toruńskim Forcie VII. Wskazani przez nią Polacy byli rozstrzeliwani przez Selbstschutz w lesie Barbarka.