Przebywał na ławce rezerwowych w pojedynku z Aston Villą w Premiership, zaś niedługo po tym zaliczył występ w wyjazdowym meczu z Birmingham City w Pucharze Ligi.
W kolejnym spotkaniu, w którym wystąpił, przeciwko West Bromwich Albion na Old Trafford zdobył bramkę, którą zadedykował George'owi Bestowi. Jego ostatni występ przed wypożyczeniem przypadł na zakończone bezbramkowym remisem spotkanie z Burton Albion. W sezonie 2004/2005 występował w rezerwach United i przyczynił się do zwycięstwa "Czerwonych Diabłów" w rozgrywkach.
Jones przebywał na wypożyczeniu w belgijskim Royal Antwerp, który to stanowi filię Manchesteru United. Zaliczył w niej 6 występów, zaś samo wypożyczenie zostało skrócone z powodu kontuzji Jonesa, który po doznaniu urazu wrócił do Anglii.
Na początku sezonu 2006/2007 wystąpił w dwóch towarzyskich meczach z Preston North End i Macclesfield Town, w którym to zaliczył asystę przy golu Wayne'a Rooneya. W czasie sezonu wystąpił w kilku meczach Pucharu Ligi, m.in. w wygranym 2:1 spotkaniu z Crewe Alexandra, kiedy to po jego podaniu Ole Gunnar Solskjær strzelił pierwszą bramkę. W październiku 2006 został wypożyczony do Colchester United.