2005-2020 3 maja 2006 roku rozpoczęto dystrybucję aplikacji „SETI@home Enhanced”. Komputery przechodzą przyspieszoną ewolucję i są w dzisiejszych czasach gotowe do znacznie intensywniejszych obliczeń, niż w czasach początku projektu, w przypadku niektórych obliczeń, są one teraz dwukrotnie dokładniejsze. Aplikację zoptymalizowano pod kątem zawartości jednostki obliczeniowej, co również miało przyspieszyć jej obliczanie.
Z ponad 278 832 aktywnymi komputerami w systemie (2,4 miliona łącznie) w 234 krajach, na 14 listopada 2009, SETI@home ma możliwość obliczania z prędkością 769 TeraFLOPS. Dla porównania Cray Jaguar, który był najszybszym superkomputerem we wrześniu 2009 osiągał 2331 Teraflops.
W lipcu 2008 do projektu został podłączony subprojekt o nazwie Astropulse, o bardzo dużych jednostkach obliczeniowych i skupiający się głównie na sygnałach pulsacyjnych i powtarzających się sygnałach pulsacyjnych. Zastosowany algorytm jest też znacznie czulszy od tego zastosowanego w SETI@Home. Z danych zebranych przez projekt będzie można również wyławiać pozycje pulsarów oraz osobliwości.