Vasco da Gama złożył protest, który, gdy został uwzględniony, spowodował złożenie protestu przez Joinville. Dodatkowy problem stworzył klub Portuguesa, który złożył protest do sądu w sprawie sprzedaży biletów. Gdy CBF zamierzało wykluczyć Portuguesę z rozgrywek, wiele innych klubów ze stanu São Paulo zagroziło wycofaniem się z mistrzostw. W tej sytuacji brazylijska federacja musiała zrezygnować z tej decyzji. Postanowiono również, że do następnego etapu awansują zarówno Joinville, jak i Vasco da Gama, czyli z grup A-D w następnym etapie będzie 29 klubów. Kilka dni później postanowiono, że dodatkowo do następnego etapu awansują Santa Cruz, Sobradinho i Náutico, dzięki czemu każda z grup następnego etapu będzie liczyła tyle samo drużyn.
Rozgrywki w grupach E-H, zwane Torneio Paralelo objęły 36 pozostałych klubów – w każdej z grup było 9 klubów i tylko zwycięzcy awansowali do drugiej fazy mistrzostw.
Łącznie do drugiego etapu awansowało 36 klubów – 32 kluby z grup A-D oraz 4 kluby z grup E-H.
Grupa A Kolejka 1 Data Mecz30 sierpnia 1986 Coritiba FBC – São Paulo 0:1Careca31 sierpnia 1986 Clube do Remo – Ceará SC 1:1Dadinho – Rubens Feijăo31 sierpnia 1986 Bangu AC – Fluminense FC 0:1Valbert31 sierpnia 1986 Sampaio Corrêa FC – Sport Recife 1:2Edinho – Luís Carlos (2)31 sierpnia 1986 Sobradinho EC – SC Internacional