Porażka i śmierć Jamesa Grahama W czerwcu 1649 r. Karol II ustanowił Jamesa Grahama 1 Markiza of Montrose na głównodowodzącego siłami w Szkocji. Rozpoczął też oficjalne rozmowy z radykalnymi prezbiterianami. Chcąc pozyskać dla siebie tron Karol II gotowy był pójść na daleko idące ustępstwa na rzecz zwolenników Covenantu. W marcu 1650 r. markiz Montrose wylądował w Orkney, przejmując dowodzenie nad niewielkimi oddziałami, składającymi się przeważnie z żołnierzy z kontynentu europejskiego, wysłanych mu jako wsparcie. Podczas marszu przez kraj markiz daremnie starał się przeciągnąć na swoją stronę miejscowe klany. Dnia 27 kwietnia Graham został zaskoczony i pobity przez przeciwników w bitwie pod Carbisdale w Ross-Shire. Po krótkiej podróży, markiz poddał się w końcu siłom Macleoda of Assynt. Jako jeniec został przewieziony do Edynburga, gdzie dnia 20 maja parlament skazał go na karę śmierci. Dzień później markiz został powieszony.
Powstania rojalistów 1651-1654 W latach 1651–1654 doszło do wybuchu powstań rojalistów w Szkocji. Ostatnią twierdzą, która wpadła w maju 1652 r. w ręce wojsk parlamentu był Dunnottar Castle. Mimo to Szkoci uzyskali 30 miejsc w zjednoczonym parlamencie, a generał Monck został mianowany gubernatorem militarnym w Szkocji. Sprawował on też władzę nad angielskimi wojskami stacjonującymi w Szkocji.