W barwach Barcelony Brazylijczyk pierwszy raz wystąpił 24 lipca 2009 w nieoficjalnym spotkaniu z Tottenhamem Hotspur podczas Wembley Cup. Pod koniec letniego okienka transferowego piłkarz został wypożyczony na rok do Racingu Santander. W sezonie 2009/2010 rozegrał w tym zespole 22 mecze ligowe i zdobył jedną bramkę, po czym powrócił do Barcelony. Na sezon 2010/2011 został jednak ponownie wypożyczony do Racingu Santander.
Palmeiras 15 lipca 2011 roku piłkarz został wypożyczony do SE Palmeiras. 2 czerwca 2012 roku natomiast Barcelona ogłosiła, że zgodziła rozwiązać się kontrakt Brazylijczyka. Henrique więc już jako wolny zawodnik związał się z klubem z São Paulo. Już za czasów Luiza Felipe Scolariego zawodnik zaczął grać jako pomocnik i przyczynił się w dużej mierze do zdobycia przez swój klub Copa do Brasil 2012. Po odejściu z klubu Marcosa Assunção został nawet kapitanem zespołu.
Napoli 30 stycznia 2014 roku Henrique podpisał kontrakt z SSC Napoli. Transfer wyniósł €4 miliony, a sam piłkarz podpisał 3,5-letni kontrakt.