W 1998 roku Pfeifenberger znów był piłkarzem SV Salzburg. W 2000 roku dotarł z nim do finału Pucharu Austrii, w którym Salzburg przegrał po serii rzutów karnych z Grazer AK. W drużynie był już częściej rezerwowym, jak grał w wyjściowym składzie. W 2003 roku zajął 3. miejsce w lidze, a w 2004 zakończył piłkarską karierę.
W 2005 roku Pfeifenberger został trenerem młodzieży w Red Bull Salzburg. W 2007 roku wznowił karierę piłkarską i grał w amatorskim SV Seekirchen 1945, a następnie na okres jednej rundy został grającym trenerem innego amatorskiego klubu – SV Grödig.
Statystyki kariery Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1987/88 Casino Salzburg
1. Division 30 13 1988/89 Rapid Wiedeń
Bundesliga 19 10 1989/90 Rapid Wiedeń
Bundesliga 25 13 1990/91 Rapid Wiedeń
Bundesliga 29 10 1991/92 Rapid Wiedeń
Bundesliga 34 9 1992/93 Casino Salzburg
Bundesliga 34 19 1993/94 Casino Salzburg
Bundesliga 31 14 1994/95 Casino Salzburg
Bundesliga 27 11 1995/96 Casino Salzburg
Bundesliga 30 14 1996/97 Werder Brema
Bundesliga 25 3 1997/98 Werder Brema
Bundesliga 18 2 1998/99 SV Salzburg
Bundesliga 15 2 1999/00 SV Salzburg
Bundesliga 11 0 2000/01 SV Salzburg
Bundesliga 16 1 2001/02 SV Salzburg
Bundesliga 26 4 2002/03 SV Salzburg
Bundesliga