do 2004 sęp plamisty klasyfikowany był jako gatunek najmniejszej troski (LC, Least Concern), w latach 2007 i 2008 uznany został za gatunek bliski zagrożenia (NT, Near Threatened), w 2012 i 2013 za zagrożonego (EN, Endangered), a w 2015 rangę zmieniono na krytycznie zagrożonego (CR, Critically Endangered). W Gambii stan populacji zdaje się być stabilny, jednak w Mali i Sudanie Południowym populacje zmniejszyły się o, odpowiednio, 96% i 100% (dane z 2006). Możliwe, że sępy plamiste nie występują już także w Nigerii; w 2011 nie stwierdzono ich w Parku Narodowym Yankari, będącym ostoją tych sępów w Nigerii. Badania przeprowadzane na sawannach Burkiny Faso, Mali i Nigru, przeprowadzane w latach 1969–1973 i 2003–2004, wykazały spadek średniej liczebności z 61,3 osobnika na 100 km do 2,5 osobnika na 100 km. Spadek liczebności odnotowano również w Kamerunie (87% w latach 1973–2000), Ugandzie, Kenii, Somalii, Malawi (nie występuje w parkach narodowych Kasungu i Liwonde, gdzie niegdyś występował pospolicie) i Tanzanii. Możliwe, że stan populacji w Etiopii jest stabilny.