Wysiadują je i samiec, i samica; pisklę kluje się po blisko 45 dniach.
Status i zagrożenia IUCN uznaje sępa łysego za gatunek krytycznie zagrożony (CR, Critically Endangered) od 2007 roku. Wcześniej, od 1994 roku uchodził za gatunek bliski zagrożenia (NT, Near Threatened), a od 1988 roku – za gatunek najmniejszej troski (LC, Least Concern). Liczebność populacji szacowana jest na 2500–9999 dorosłych osobników, a jej trend oceniany jest jako silnie spadkowy.
Do gwałtownego załamania się populacji przyczyniło się kilka czynników – brak dzikich kopytnych, rozwój rolnictwa, zmiana metod składowania odpadów, odławianie ptaków i choroby. Spadek liczebności na początku XXI w. wywołał najprawdopodobniej diklofenak, którego używano do leczenia bydła, a jest wysoce toksyczny dla sępów. Ptaki po zjedzeniu padliny zwierzęcia, któremu podawano ten lek, ginęły wskutek niewydolności nerek i zatrucia kwasem moczowym odkładanym w narządach wewnętrznych (ang. visceral gout). Według niedawnych (wyniki opublikowane w 2014) badań po zakazaniu używania diklofenaku tempo spadku liczebności zmalało. Problem dotyczy szczególnie Indii, gdzie większość (zależnie od źródła, 90%, 91% i 93%) populacji wyginęła w latach 1999–2014. Diklofenak nie był jednak stosowany w Kambodży i Mjanmie.