Życie prywatne 1 lutego 1997 poślubił Lauren Lambert. Ich syn Max (ur. 1997), ma zespół Downa. Lambert i McGinley rozwiedli się 10 grudnia 2001. W sierpniu 2006 zaręczył się w Malibu z instruktorką jogi Nicole Kessler, którą poślubił 7 kwietnia 2007, na prywatnej ceremonii. Mają dwie córki – Billie Grace (ur. 2 lutego 2008) i Kate Aleenę (ur. 24 czerwca 2010).
W październiku 2002 nazwany został „Ojcem Miesiąca” przez serwis iParenting.com.
Wraz z Willemem Dafoe jest współwłaścicielem baru bistro w nowojorskim SoHo. Jest bliskim przyjacielem Johna Cusacka.
Filmografia Filmy fabularne 1986: Słodka wolność (Sweet Liberty) jako Floyd 1986: Pluton (Platoon) jako sierżant O’Neill 1987: Wall Street jako Marvin 1988: Talk Radio jako Stu 1988: Shakedown jako Sean Phillips 1989: Prisoners of Inertia 1989: Urodzony 4 lipca (Born on the Fourth of July) jako oficer 1989: Projekt Manhattan (Fat Man and Little Boy) jako kpt.