Lata II wojny światowej thumb|left|200px|Harold Holt w latach 30. W 1939 polityczny mentor Holta, Robert Menzies, został premierem i powołał go na stanowiska ministra bez teki. Nieco później stanął na czele resortu badań naukowych i przemysłowych, tymczasowo kierował także ministerstwem lotnictwa. W 1940, nie rezygnując ze stanowisk w rządzie, wstąpił do armii, gdzie został artylerzystą. Kilka miesięcy później po tym, jak w katastrofie lotniczej zginęło trzech członków jego rządu, Menzies nakazał wszystkim swoim ministrom powrót do stolicy. Holt ponownie został ministrem bez teki, tym razem zajmując się kwestiami handlu i ceł. Jesienią 1940 został mianowany ministrem pracy. W 1941 w wyniku wewnątrzkoalicyjnych rozgrywek Menzies musiał oddać władzę Arthurowi Faddenowi, Holt mimo swej lojalności wobec Menziesa postanowił pozostać w składzie nowego rządu. Gdy w 1945 Menzies zakładał nowe ugrupowanie – Liberalną Partię Australii (LPA) – Holt należał do pierwszej grupy jej członków.