W roku 1840 szczątki Cesarza Francuzów zostały przewiezione do Francji na pokładzie fregaty Belle-Poule i uroczyście złożone w jednej z kaplic w Les Invalides w Paryżu, bez udziału krewnych z rodu Bonapartów, którym zabroniono przebywać we Francji, ale w obecności setek weteranów jego wojen, z marsz. Soultem na czele. Trumny na św. Helenie otwarto, by zidentyfikować zwłoki, które zachowały się w stanie prawie nienaruszonym. 2 kwietnia 1861 szczątki cesarza przeniesiono do sarkofagu pod kopułą Kościoła Inwalidów, gdzie spoczywają do dziś w sześciu trumnach: cynowej, mahoniowej, dwóch ołowianych, z kości słoniowej i na koniec jeszcze jednej mahoniowej. Przy tym ostatnim pogrzebie była obecna również rodzina Napoleona: bratanek cesarza, Napoleon III Bonaparte z rodziną i naturalny syn, Aleksander Colonna-Walewski oraz potomkowie cesarskich braci Hieronima i Lucjana i sióstr Elizy i Karoliny.
W 1969 roku pochowano u stóp Napoleona jego syna Napoleona II, przeniesionego do Paryża z Wiednia w roku 1940. Przez 29 lat spoczywał, tak jak przed nim ojciec, w jednej z kaplic Inwalidów.