W kolejnych sezonach Juanele nie odnosił już sukcesów z Tenerife, a w sezonie 1998/1999 spadł z nim do Segunda División.
Latem 1999 Juanele został zawodnikiem Realu Saragossa. 22 sierpnia zadebiutował w jego barwach w przegranym 0:2 meczu z FC Barcelona. W całym sezonie zdobył 9 goli (najwięcej w karierze podczas jednego sezonu) i był drugim najlepszym strzelcem drużyny obok Serba Savo Miloševicia. Real zajął wówczas 4. miejsce w La Liga. W 2001 roku Juanele po raz pierwszy w karierze zdobył Puchar Króla. W 2002 roku spadł jednak z klubem z Saragossy do Segunda División i tam spędził jeden sezon. Po powrocie klubu do pierwszej ligi był tylko rezerwowym i zaliczył ledwie 6 spotkań. Zdobył też swój drugi krajowy puchar. W 2004 roku odszedł do zespołu Terrassa FC i w 2005 roku został z nim zdegradowany do Segunda División B. W 2005 roku zakończył piłkarską karierę.