Debiut w Lidze Mistrzów w sezonie 2007/08 był dla klubu udany – dwa zwycięstwa nad albańskim klubem SK Tirana. W następnej rundzie przeciwnik był znacznie wyżej notowany – chorwacki klub Dinamo Zagrzeb. Porażka u siebie 1:2 i przegrana 1:3 na wyjeździe zakończyły udział NK Domžale w Lidze Mistrzów.
Na początku 2026 roku, z powodu problemów finansowych, klub wycofał się z rozgrywek Prvej ligi i wkrótce został rozwiązany.
Europejskie puchary
Sezon Rozgrywki Runda Klub Dom Wyjazd Ogólnie 2005/06 Puchar UEFA 1Q Domagnano 3–0 5–0 8–0 2Q Aszdod 1–1 2–2 3–3, w. 1R VfB Stuttgart 1–0 0–2 1–2 2006/07 Puchar UEFA 1Q Orašje 5–0 2–0 7–0 2Q Hapoel Tel Awiw 0–3 2–1 2–4 2007/08 Liga Mistrzów 1Q Tirana 1–0 2–1 3–1 2Q Dinamo Zagrzeb 1–2 1–3 2–5 2008/09 Liga Mistrzów 1Q F91 Dudelange 2–0 1–0 3–0 2Q Dinamo Zagrzeb 0–3 2–3 2–6 2011/12 Liga Europy 2Q RNK Split 1–2 1–3 2–5 2013/14 Liga Europy 1Q Astra Giurgiu 0–1 0–2 0–3 2015/16 Liga Europy 1Q Čukarički 0–1 0–0 0–1 2016/17 Liga Europy 1Q Lusitanos 3–1 2–1 5–2 2Q Szachtior Soligorsk 2–1 1–1 3–2 3Q West Ham United 2–1 0–3 2–4 2017/18 Liga Europy 1Q Flora Tallinn 2–0 3–2 5–2 2Q Valur 2–1 3–2 5–3 3Q SC Freiburg 2–0 0–1 2–1 PO Olympique Marsylia 1–1 0–3 1–4 2018/19 Liga Europy 1Q Široki