Tam rywalizował o miejsce w pierwszym składzie z Urbym Emanuelsonem i ostatecznie wziął udział w 16 meczach. Razem z Ajaksem zakończył ligowe rozgrywki na 4. pozycji.
W 2006 piłkarz powrócił do Hiszpanii. Został zatrudniony przez Real Saragossa, w którym od razu zdołał przebić się do podstawowego składu. W pierwszym sezonie gry na La Romareda wystąpił w 34 pojedynkach. Przyczynił się do zajęcia przez swój nowy klub 6. miejsca w lidze i wywalczenia awansu do Pucharu UEFA. 30 lipca 2008 Juanfran podpisał 2-letni kontrakt z greckim AEK–iem Ateny, który zapłacił za niego milion euro.
Podczas sezonu 2009/2010 Juanfran wrócił do swojego pierwszego klubu w karierze – Levante UD.
Statystyki klubowe Sezon Klub Kraj Liga Mecze Bramki Puchar Kraju Mecze Bramki Rozgrywki Europy Mecze Bramki 1994/95 Levante UD Segunda División B 3 0
1995/96 12 0
1996/97 Segunda División 33 1
1997/98 Valencia CF Primera División 20 4
1998/99 21 0
1999/00 Celta Vigo 27 2
2000/01 28 2
2001/02 25 0
2002/03 17 1
Puchar UEFA 6 0 2003/04 21 1
Liga Mistrzów UEFA 6 1 2004/05 Beşiktaş JK Süper Lig 13 1
Puchar UEFA 6 0 2005/06 AFC Ajax Eredivisie 16 0
Liga Mistrzów UEFA 3 1 2006/07 Real Saragossa Primera División 34 0 Puchar Króla 3 0
2007/08 29 0