Latem 1993 Manjarín przeszedł do jednego z czołowych klubów w kraju, Deportivo La Coruña i stworzył atak z Brazylijczykiem Bebeto. W sezonie 1993/1994 był bliski zdobycia mistrzostwa Hiszpanii, jednak zespół z La Coruñi zremisował w ostatniej kolejce z Valencią i stracił pewny triumf na rzecz Barcelony. Rok później Javier wraz z partnerami znów został wicemistrzem Hiszpanii, a także zdobył dwa trofea: Puchar Hiszpanii oraz Superpuchar Hiszpanii. Natomiast w 1997 roku zajął 3. miejsce w La Liga. Przez kolejne dwa lata Javier był tylko rezerwowym w "Depor" i przegrywał rywalizację o miejsce w składze z Marokańczykiem Salaheddine Bassirem, Portugalczykiem Pauletą oraz Argentyńczykiem Turu Floresem.
W 1999 roku Manjarín został piłkarzem Racingu Santander. W 2001 roku spadł z nim do Segunda División i latem odszedł do meksykańskiego Atlético Celaya. Natomiast sezon później przeniósł się do Santos Laguna Torreón, a w 2003 roku zakończył piłkarską karierę.