Ze względu na złożoną sytuację polityczną, a także stosunkowo dobre, jak na warunki czadyjskie, perspektywy znalezienia pracy, liczba ludności miasta nieustannie rośnie.
Położenie Ndżamena leży w dolnym biegu rzeki Szari, w południowo-zachodniej części kraju, w odległości ok. 30 km od brzegów jeziora CzadWielkość jeziora Czad zależy od sezonu, zatem odległość ta może się zmieniać.. Teren, na którym rozpościera się miasto jest płaski, równinny, o średniej wysokości położenia 295 m n.p.m.
Miasto leży na prawym brzegu rzeki Szari, naprzeciwko ujścia rzeki Logone. Rzeka Szari tworzy w tym miejscu naturalną granicę państwową między Czadem i Kamerunem. Po drugiej stronie Szari leży kameruńskie miasto Kousséri, połączone z Ndżameną dwoma mostami drogowymi.
Klimat mały|lewo|Klimatogram Ndżameny W Ndżamenie występuje klimat podrównikowy. Najchłodniejszym miesiącem jest styczeń, gdy średnie temperatury wynoszą +24 stopnie Celsjusza. W lipcu średnia temperatura zbliża się do +28 stopni. Roczne opady wynoszą 620–650 mm (dla porównania: średnie opady deszczu w Polsce wynoszą 550–600 mm).