Po przejęciu Luborzycy (obecnie Baranówka Baranówka) przez władze komunistyczne w 1945 roku Maria Kozłowska z dwójką dzieci przeniosła się ponownie do Krakowa i od lutego tegoż roku wykładała na Uniwersytecie Jagiellońskim, a z początkiem stycznia 1946 roku została starszym asystentem w uniwersyteckim Ogrodzie Botanicznym. Od września 1946 roku była adiunktem w Ogrodzie Owocowo-Warzywnym Wydziału Rolniczego. Poza pracą zawodową realizowała obowiązki zarządcy majątku pozostałego po mężu i stanowiącego własność nieletnich dzieci. W 1953 roku z odłączonego od uniwersytetu Wydziału Rolniczego powstała Wyższa Szkoła Rolnicza, w skład której wszedł również Ogród Owocowo-Warzywny; Maria Kozłowska została adiunktem w Katedrze Ogrodnictwa Wydziału Rolniczego nowej uczelni i w ramach tego stanowiska prowadziła zajęcia dydaktyczne z zakresu warzywnictwa. W Katedrze Ogrodnictwa współpracowała z kolejnymi jej kierownikami — profesorami Franciszkiem Zabłockim, Stefanem Ziobrowskim i Marią Łucką.