Systematyka Rodzina oddzieliła się od siostrzanej rdestnicowatych Potamogetonaceae ok. 30 milionów lat temu. Nie są jednak znane żadne ślady kopalne (w przeszłości błędnie opisano jako należący tutaj rodzaj Archeozostera).
Systematyka według Angiosperm Phylogeny Website (aktualizowany system APG IV z 2016) Zosterowate należą do rzędu żabieńcowców i zajmują w jego drzewie filogenetycznym następującą pozycję:
Pozycja w systemie Reveala (1994-1999) Gromada okrytonasienne (Magnoliophyta Cronquist), podgromada Magnoliophytina Frohne & U. Jensen ex Reveal, klasa jednoliścienne (Liliopsida Brongn.), podklasa żabieńcowe (Alismatidae Takht.), nadrząd Alismatanae Takht., rząd rdestnicowce (Potamogetonales Dumort.), podrząd Potamogetonineae Engl., rodzina zosterowate (Zosteraceae Dumort.)
Wykaz rodzajów Phyllospadix Hook. Zostera L. – zostera
Przypisy