thumb|250px|Struktura kryptochromu 3 u rzodkiewnika pospolitego
Kryptochromy (gr. κρυπτό χρώμα (krupto chroma) co oznacza ukryty kolor) – fotoreceptory światła niebieskiego u zwierząt i roślin. Nazwy tej używa się w odniesieniu do specyficznej podklasy receptorów światła niebieskiego – flawoprotein regulujących kiełkowanie, elongację, fotoperiodyzm i inne reakcje wzrostowe roślin. Światło niebieskie pośredniczy także w fototropizmie, ale udział kryptochromów w tym procesie nie jest znany. W tym procesie bierze udział NPH1, białko zawierające flawinową grupę chromoforową, którego widmo absorpcyjne funkcjonalnej cząsteczki pokrywa się z widmem czynnościowym dla procesu fototropizmu i nazywane jest fototropiną. Kryptochromy to białka wczesne ewolucyjnie, pochodzące od fotoliaz – bakteryjnych enzymów flawoproteinowych aktywowanych przez światło i uczestniczących w naprawie dimerów pirymidynowych DNA. U eukariontów kryptochromy utraciły tę zdolność katalityczną.
Kryptochromy odkryto także u koralowców, gdzie biorą udział w koordynacji cyklów rozmnażania w czasie kilku wiosennych nocy podczas pełni księżyca. Znaleziono je również u owadów i ssaków.