W 1917 przeniósł się do Warszawy, gdzie przez rok był zatrudniony w Zakładzie Fizjologii Towarzystwa Kursów Naukowych. Od listopada 1918 pracował naukowo w utworzonym i kierowanym przez siebie Zakładzie Biologii Ogólnej Towarzystwa Naukowego Warszawskiego. Minkiewicz walczył o wolność myśli. W jego Zakładzie, podobnie jak później u Jana Dembowskiego, znalazło się wielu Żydów. W Instytucie Biologii Doświadczalnej im. Nenckiego był (1926–1931) jego przewodniczącym, skarbnikiem (1934) i członkiem prezydium (1920–1939). W 1920–1924 współorganizował z pierwszą polską Stację Hydrobiologiczną Instytutu Nenckiego na Wigrach. Zajmował się etologią zwierząt i fizjologią percepcji.

Współzałożyciel (1920) Stowarzyszenia Wolnomyślicieli Polskich, w 1921 zabiegał wraz z Bolesławem Bierutem o utworzenie bezwyznaniowej gminy w Warszawie (był przez krótki czas jej przewodniczącym). Założył organ Stowarzyszenia Wolnomyślicieli „Myśl Wolna”, którą redagował (1922).

Minkiewicz zajmował się także literaturą: debiutował jako poeta w 1903 ogłaszając utwór Smutna bajka, Kołysanka robotnicza;