Wiosną 2001 doszło do sporu między oboma ugrupowaniami koalicyjnymi m.in. wokół prywatyzacji państwowego koncernu gazowego, reformy systemu podatków, restytucji ziemi oraz zarządzania przedsiębiorstwem Mažeikių Nafta. 18 czerwca 2001 zażądał dymisji Rolandasa Paksasa, a następnie Nowy Związek wycofał swoich ministrów z rządu. 21 czerwca premier podał się do dymisji, a nową koalicję utworzyły Nowy Związek oraz socjaldemokraci Algirdasa Brazauskasa. W nowym układzie politycznym Algirdas Brazauskas został premierem, zaś Artūras Paulauskas zachował stanowisko przewodniczącego parlamentu.
W grudniu 2002 ponownie wystawił swoją kandydaturę w wyborach prezydenckich. Nie udało mu się jednak powtórzyć wyniku sprzed 5 lat. W I turze, która odbyła się 22 grudnia 2002 uzyskał 8,31% głosów ważnych, nie wchodząc do II tury.
Jako przewodniczący Sejmu odgrywał znaczącą rolę w czasie kryzysu politycznego związanego z zarzutami wobec prezydenta Rolandasa Paksasa. Po tym, gdy 30 października 2003 służby specjalne przekazały Sejmowi materiały obciążające osoby z otoczenia prezydenta, parlament powołał tymczasową komisją śledczą do zbadania sprawy. Raport komisji, przyjęty przez Sejm 2 grudnia tego roku, zawierał zarzuty także wobec prezydenta.