Zrezygnował również ze stanowiska przewodniczącego BDP, które objął Daniel Kwelagobe.
W wyborach parlamentarnych z 9 października 2009 Demokratyczna Partia Botswany odniosła zdecydowane zwycięstwo, zdobywając 45 mandatów w 57-osobowym parlamencie. Khama w czasie kampanii wyborczej, wezwał swoich rodaków do głosowania na jego partię, obiecując kontynuowanie odpowiedzialnych rządów i zapewnienie godnego życia obywatelom. Stwierdził, że w kraju widoczne są rezultaty 43-letnich rządów BDP, które świadczą o tym, że państwo było w „dobrych rękach”. Wygrana BDP pozwoliła mu utrzymać stanowisko szefa państwa. 20 października 2009 został zaprzysiężony na 5-letnią kadencję prezydenta. W swoim inauguracyjnym przemówieniu wezwał prywatnych przedsiębiorców do współpracy z rządem w celu wzmocnienia krajowej gospodarki. Zapowiedział dalszą współpracę z organizacjami regionalnymi, w tym z SADC, w celu stabilizacji sytuacji w Afryce.
Doprowadził m.in. do wprowadzenia w Botswanie od 1 stycznia 2014, zakazu polowań na terenach publicznych.