Flora fizjologiczna człowieka – tradycyjna nazwa mikroorganizmów występujących naturalnie w organizmie człowieka bez wywoływania objawów chorobowych. W związku z tym, że bakterie nie należą do królestwa roślin, bardziej odpowiednią nazwą byłaby tutaj „(mikro)biota fizjologiczna człowieka”. U człowieka prawidłowo występuje około 1014 (sto bilionów) bakterii, w większości beztlenowych. Niektóre grzyby także mogą stanowić skład prawidłowej flory, natomiast wirusy, pasożyty i priony do niej nie należą i zawsze są uznawane za chorobotwórcze. U osób z osłabioną odpornością flora fizjologiczna może powodować zakażenia, które nazywane są oportunistycznymi. Szerszym pojęciem jest mikrobiom, który obejmuje nie tylko mikroorganizmy komensalne i wpływające pozytywnie na organizm ludzki, ale również chorobotwórcze. Jego poznaniem zajmował się Projekt Poznania Ludzkiego Mikrobiomu (2007-2016) .
Drogi oddechowe Drobnoustroje występują głównie w górnych drogach oddechowych (gardło, nos oraz częściowo oskrzela, tchawica) natomiast dolne są jej pozbawione (pęcherzyki płucne, oskrzeliki). Nowe badania wskazują na obecność w płucach mikroorganizmów takich jak bakterie, grzyby i wirusy.