Wizyty papieży W pałacu przez pewien czas mieszkał Karol Wojtyła. Zamieszkał tutaj w roku 1964, rok po wyborze na biskupa, a wyprowadził się wówczas, gdy został wybrany na papieża (1978). Odwiedzając Kraków podczas wszystkich pielgrzymek do Polski wybierał pałac jako miejsce odpoczynku. Zasłynął spontanicznymi, nieoficjalnymi wystąpieniami do tłumów wiernych, zgromadzonych przy ul. Franciszkańskiej, na placu przed kościołem Franciszkanów i okolicach. Za każdym razem zwracał się do wiernych z umieszczonego tuż ponad barokową bramą wjazdową okna. U schyłku życia tłumy wiernych modliły się za papieża przed pałacem. Tuż po momencie śmierci 2 kwietnia 2005 miała miejsce uroczysta msza dedykowana Janowi Pawłowi II, celebrowana w kościele Franciszkanów przez kardynała Franciszka Macharskiego. Przez kolejne dni przed pałacem składano kwiaty, różnego rodzaju pamiątki i zapalano znicze. Na parapecie przy "oknie papieskim" postawiono symboliczny krzyż.
Podczas swojej pielgrzymki do Polski, Benedykt XVI w dniach 26–28 maja 2006 odwiedził Kraków i rezydował wówczas w pałacu.