Opracowanie to zawierało krytyczny przegląd zatwierdzonego projektu oraz propozycje uzupełnienia sieci Natura 2000 adekwatnie do kryteriów unijnych.
Komisja Europejska wystosowała do polskiego rządu ostrzeżenie w związku z niedostatecznym poziomem wdrożenia programu Natura 2000. Wobec braku zdecydowanych działań naprawczych w kwietniu 2006 roku rozpoczęła „procedurę naruszeniową” przeciwko Polsce. W grudniu 2006 przesłano Polsce tzw. uzasadnioną opinię, co było ostatnim ostrzeżeniem przed wszczęciem procesu przed Europejskim Trybunałem Sprawiedliwości. Ponieważ i to nie dało oczekiwanych efektów w grudniu 2007 Komisja wniosła do Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości skargę o niewystarczające wyznaczenie obszarów specjalnej ochrony ptaków przez Polskę.
Stanowisko Komisji Europejskiej spowodowało, że sieć Natura 2000 była sukcesywnie uzupełniana w kolejnych latach. Równocześnie także w miarę gromadzenia nowych danych dopracowywana była też Shadow List.