Mimo drobnych różnic w naukach swego mistrza, poglądy Teodora u podstaw były wyraźnie pochodną doktryny biskupa Tarsu. Dualistyczna chrystologia Teodora zakładała, że jedność natur ma swe źródło w woli Bożej - ujęcie, które później na Soborze efeskim zostało potępione w liście Soboru do papieża, ułożonym przez Cyryla AleksandryjskiegoFragment listu: Natura (fyzis) Słowa nie doznała żadnej zmiany, stając się ciałem (por. J 1,14). Słowo zjednoczyło się na zasadzie hipostazy z ciałem, ożywianym przez duszę rozumną. Zostało nazwane Synem Bożym, nie ze względu na wolę lub upodobanie, lub przyjęcie prosopon. Różne natury spotkały się w jedności prawdziwej i z dwóch [jest] wyłącznie jeden Chrystus, jeden Syn (PG77, 44-49; Acta Conciliorum Oecumenicorum,I,1,1,25-28, Berlin 1914.. W Homilii katechetycznej nauczał:
Marię uznawał za Matkę Boga jedynie w sposób metaforyczny:
Z pewnością wpływ na to ujęcie miał fakt, że za życia Teodora terminologia nie była jeszcze doprecyzowana.