Rok później Donato wraz z partnerami znów został wicemistrzem Hiszpanii, a także zdobył dwa trofea: Puchar Hiszpanii oraz Superpuchar Hiszpanii. Natomiast w 1997 roku zajął 3. miejsce w La Liga. Kolejny sukces Francisco osiągnął w 2000 roku, gdy swoją postawą przyczynił się do wywalczenia tytułu mistrza Hiszpanii, pierwszego w historii Deportivo. Natomiast w dwóch kolejnych latach zostawał wicemistrzem Primera División, a w 2003 roku zajął 3. miejsce. W 2004 roku powtórzył osiągnięcie sprzed roku, a w 2005 roku Deportivo zajęło 8. pozycję.
Po sezonie Fran zakończył piłkarską karierę. W Deportivo spędził 17 sezonów i wystąpił 435 ligowych meczach, w których zdobył 44 bramki. Jest rekordzistą pod względem występów w tym klubie.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1988/89 Deportivo La Coruña Segunda División 37 1 1989/90 Deportivo La Coruña Segunda División 36 5 1990/91 Deportivo La Coruña Segunda División 37 7 1991/92 Deportivo La Coruña Primera División 38 3 1992/93 Deportivo La Coruña Primera División 38 7 1993/94 Deportivo La Coruña Primera División 37 0 1994/95 Deportivo La Coruña Primera División 36 7 1995/96 Deportivo La Coruña Primera División 33 3 1996/97 Deportivo La Coruña Primera División 25 0 1997/98 Deportivo La Coruña Primera División 35 4 1998/99 Deportivo La Coruña Primera División 32 6 1999/00 Deportivo La