Obóz koncentracyjny Po wybuchu II wojny światowej brat Bonifacy pozostał w klasztorze niepokalanowskim, chociaż miał możliwość wyjazdu i szukania bezpieczniejszego schronienia. Narażając własne życie, zabezpieczał sprzęt drukarski przed zagrabieniem bądź zniszczeniem. 14 października 1941 wraz z 5 współbraćmi został aresztowany przez Gestapo. Osadzony na Pawiaku, nie przestawał modlić się, podnosić na duchu innych więźniów, a także dzielił się z nimi żywnością, otrzymywaną w paczkach z Niepokalanowa.
Przewieziony do niemieckiego obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau, został tam zarejestrowany jako numer 25447. W obozie skierowano go do pracy przy transporcie materiałów budowlanych; pracował też przy rozbiórce zniszczonych budynków, kopaniu żwiru, nakrywaniu dachów i przebieraniu brukwi.
Kilkakrotnie ciężko pobity, starał się znosić swoje cierpienia w duchu wiary. Trudne warunki obozowe, głód i zimno spowodowały, że zachorował na zapalenie płuc.