Wojna frakcji Tryb wojna frakcji umożliwia prowadzenie wojny z inną frakcją. Dostępnych jest pięć frakcji, do których można się przyłączyć: Czyste Niebo (na początku gry do tej frakcji trzeba się przyłączyć), Powinność, Wolność, bandyci oraz stalkerzy. Po przyłączeniu się do wybranej frakcji gracz może oglądać jej sytuację (liczba oddziałów, wyposażenia). Dostaje też zadania strategiczne, które należy wykonać, aby pokonać inną frakcję oraz zadania taktyczne, których nie trzeba wykonywać, ale pomagają osiągnąć cele strategiczne. Cele taktyczne pojawiają się zależnie od rozwoju sytuacji, a cele strategiczne się nie zmieniają. Są trzy rodzaje misji taktycznych: obrona, atak i przebicie się. Obrona polega na obronie danej pozycji; w przypadku jej nieobronienia zostaje zdobyta przez wroga i trzeba ją odbić. Atak polega na zabiciu wszystkich wrogów oraz zaczekanie na wsparcie. Przebicie natomiast polega na tym, by zabić wszystkich wrogów na pozycji, ale nie zdobywać jej, gdyż sojusznicze oddziały muszą tylko przejść przez tę pozycję.