28 czerwca 1794 roku Kiliński wysłał oddziały z Warszawy na front. 2 lipca 1794 został mianowany przez Kościuszkę pułkownikiem milicji mazowieckiej. Zorganizował 20 Regiment Pieszy Koronny, który bronił Warszawy przed oddziałami pruskimi. Pod koniec powstania (październik 1794) wysłany do Poznania, gdzie został pojmany przez Prusaków i wydany Rosjanom.
Po wyjściu z więzienia w twierdzy Pietropawłowskiej w Petersburgu (3 grudnia 1796), zamieszkał z rodziną w Wilnie, gdzie brał udział w konspiracji (tzw. spisek o. Faustyna Ciecierskiego), za co został ponownie pojmany przez Rosjan i wywieziony w głąb Rosji. Po powrocie z niewoli (około roku 1798) prowadził warsztat szewski, nie angażując się w życie publiczne. Wyjątkiem było objęcie funkcji radnego Warszawy w okresie Księstwa Warszawskiego.
W roku 1811 poślubił Anastazję Jasińską. Był 2-krotnie internowany, podczas okupacji austriackiej (1809) i rosyjskiej (1813). W Królestwie Polskim uzyskał emeryturę wojskową (pułkownikowską). Pisał pamiętniki (wydane pośmiertnie w 2 tomach – w latach: 1830 lub 1831 oraz 1899). Zmarł 28 stycznia roku 1819. Został pochowany pod kościołem na warszawskich Powązkach, lecz jego grób został zniszczony w czasie przebudowy kościoła.