Jednostki Wojska Polskiego, które nosiły imię Jana Kilińskiego: 205 ochotniczy pułk piechoty 4 Pomorska Dywizja Piechoty 4 Pomorska Dywizja Zmechanizowana 4 Lubuska Dywizja Zmechanizowana Warszawska Brygada Obrony Terytorialnej Pułk Obrony Terytorialnej miasta stołecznego Warszawy Batalion Armii Krajowej Kiliński Oddział Gwardii Ludowej wymordowany 9 sierpnia 1943 roku przez Narodowe Siły Zbrojne
Jan Kiliński jest patronem wielu szkół w Polsce: Powiatowego Zespołu nr 8 Szkół Zawodowych i Ogólnokształcących w Chełmku Zespołu Szkół Ponadgimnazjalnych nr 4 w Gnieźnie Zespołu Szkół nr 1 w Kłobucku Zespołu Szkół w Krapkowicach Szkoły Podstawowej nr 2 w Krośnie Odrzańskim Zespołu Szkół Ponadgimnazjalnych nr 21 w Łodzi Zespołu Szkół Ogólnokształcących w Mogielnicy Szkoły Podstawowej nr 2 w Oleśnicy – patronem został 18 maja 1977 roku Zespołu Szkół Zawodowych nr 1 w Pabianicach Zespołu Szkół Zawodowych w Radomiu – od 1927 roku Zespołu Szkół Mechaniczno-Elektrycznych w Sosnowcu Szkoły Podstawowej nr 1 w Trzemesznie Szkoły Podstawowej w Tyszowcach Zespołu Szkół nr 31 w Warszawie Szkoły Podstawowej nr 158 w Warszawie ZSZ nr 5 we Wrocławiu Zakładu Doskonalenia Zawodowego w Zamościu Zespołu Szkół Ponadgimnazjalnych w Zdunach Zespołu Szkół Technicznych i Licealnych nr 2 w Grodzisku Mazowieckim