Federaliści nazywali Jeffersona ateistą, anarchistą, demagogiem, tchórzem, hochsztaplerem i mistyfikatorem. Nazywali go również frankofilem z powodu publicznego poparcia dla Rewolucji francuskiej, która była kontrowersyjna z powodu swojego brutalnego charakteru, szczególnie względem arystokracji oraz elit. Sam poseł pełnomocny Francji w Stanach Zjednoczonych Pierre Auguste Adet publicznie potępiał kandydaturę Johna Adamsa i zapewniał, że wybór Jeffersona poprawiłby relacje Stanów Zjednoczonych z Francją. Jeffersoniści próbowali zdystansować się od Adeta, ale federaliści wykorzystali oświadczenie Adeta, by powiązać Jeffersona z sympatykami Francji.
Sami kandydaci na prezydenta unikali ostrego języka i większej kampanii. Thomas Jefferson pozostał w swojej posiadłości Monticello w Charlottesville, a John Adams w Peacefield w Quincy. Aaron Burr przez 6 tygodni podróżował po stanach Nowej Anglii, promując swoją prezydenturę. W czasie wyborów w 1796 powstała pierwsza piosenka wyborcza w historii amerykańskich wyborów prezydenckich – Adams and Liberty, promująca kandydaturę Adamsa.