Wrócił do domu i przez dwa lata żył jako pustelnik w Muehlfraun, zmuszając się do zachowania surowych postów, pokuty i długich godzin spędzanych na modlitwie. Za namową matki opuścił pustelnię, by znów piec chleb, tym razem dostał pracę w słynnej piekarni w Wiedniu. Tam spotkał dwie kobiety, które pozostały jego największymi dobrodziejkami.
W wieku dwudziestu dziewięciu lat wstąpił na Uniwersytet Wiedeński, gdyż rząd zamknął wszystkie seminaria i kandydaci na kapłanów musieli uczyć się w państwowych uczelniach.
Podczas pielgrzymki do Rzymu w 1784, Klemens i jego towarzysz podróży, Tadeusz Huebl, postanowili wstąpić do zgromadzenia zakonnego. Dwaj seminarzyści zostali przyjęci do nowicjatu przy rzymskim kościele św. Juliana (obecnie nie istnieje). 19 marca w uroczystość świętego Józefa, w 1785, obaj zostali redemptorystami, publicznie ślubując ubóstwo, czystość i posłuszeństwo. Dziesięć dni później, 29 marca 1785, na południe od Rzymu, w prowincji Frosinone przyjęli święcenia kapłańskie w katedrze w Alatri. Kilka miesięcy później dwaj obcojęzyczni redemptoryści zostali wezwani przez generała zakonu ojca de Paola i wysłani do ojczyzny, by tam, w północnej Europie zakładać nowe placówki Zgromadzenia Najświętszego Odkupiciela.