Po zajęciu Krakowa przez Armię Czerwoną, dr Jan Robel przystąpił do przekształcania Oddziału Chemicznego w Instytut Ekspertyz Sądowych. Prace organizacyjne przerwało aresztowanie go przez NKWD, poszukujący dokumentacji zgromadzonej przez zespół medyków pracujących nad dowodami ofiar zbrodni dokonanej przez Sowietów. Od marca do maja 1945 NKWD więziło i przesłuchiwało w jednym ze swoich zakonspirowanych aresztów na terenie Krakowa. Po opuszczeniu więzienia w maju 1945 został kierownikiem laboratorium analiz sądowych (późniejszy Instytut Ekspertyz Sądowych) i prowadził badania nad zbrodniami nazistowskimi10 i 11 maja 1945 wraz z Janem Sehnem brał udział w przesłuchaniu członka Sonderkommando Szlamy Dragona (Protokół przesłuchania), m.in. zespół pod jego kierownictwem udowodnił w grudniu 1945 użycie Cyklonu-B do mordowania więźniów w komorach gazowych, podważając teorię o użyciu cyjanowodoru do dezynfekcji (gaz ten zabija tylko organizmy tlenowe).