Najstarszą zachowaną częścią kościoła jest zachowana niemal w całości krypta z czasów ottońskich, znajdująca się poniżej prezbiterium. Składa się z trzech naw z obejściem o podobnej wysokości i szerokości, środkowa nawa zamknięta jest półkolistą w planie absydą. Nawy są oddzielone charakterystycznymi dla sztuki ottońskiej naprzemianlegle ustawionymi filarami i kolumnami.
thumb|Krypta kościoła Św. Wiperta
Architektura
Kościół jest zbudowany z ciosu kamiennego w formie trójnawowej bazyliki z wydzielonym prezbiterium, poniżej którego znajduje się krypta. Nawa główna i chór nakryte są otwartą więźbą dachową, nawy boczne drewnianym stropem. Architekturę zewnątrz jak i wewnątrz cechuje surowość i prostota silnie podkreślające bryłę kościoła. Surowe ściany posiadają umieszczone wysoko niewielkie półkoliście zamknięte okna. Artykulacja ścian nawy ograniczona jest do rzędu półkolistych arkad międzynawowych, wspartych na monumentalnych czworobocznych filarach, pozbawionych niemalże dekoracji rzeźbiarskiej. Północne wejście do kościoła w 1956 roku otrzymało portal przeniesiony z kościoła NMP na Münzerbergu w Quedlinburgu. Datowany na 1230 rok posiada profilowane archiwolta wsparte na parzystych kolumnach z bogato dekorowanymi motywami roślinnymi kapitelami.