Ponadto do jego obowiązków należała opieka lekarska nad więźniarską i esesmańską obsługą komór gazowych i krematoriów. Na zlecenie doktora Mengele dokonywał autopsji zwłok bliźniąt i karłów, które były przedmiotem eksperymentów pseudomedycznych „Anioła Śmierci”. Będąc zakwaterowany w budynku krematorium I (II) w Birkenau Nyiszli miał wgląd w największą tajemnicę obozu – masowych mordów tysięcy ludzi (głównie Żydów) w komorach gazowych. Był także świadkiem słynnego buntu w Sonderkommando w październiku 1944 roku. W styczniu 1945 został ewakuowany z Auschwitz, 5 maja 1945 w obozie Ebensee doczekał wyzwolenia przez Amerykanów.
Po wojnie Po wyzwoleniu Miklós Nyiszli wrócił do Rumunii, gdzie ponownie podjął się pracy lekarza. Kilka miesięcy później powróciły jego żona i córka, wyzwolone w Bergen-Belsen. W październiku 1947 Nyiszli zeznawał w sprawie IG Farbenindustrie, wchodzącej w skład procesów norymberskich.
W ostatnich latach życia Miklós Nyiszli chorował. 5 maja 1956 zmarł na zawał serca.