W rozminowaniu batalion stracił 9 zabitych i kilku rannych.
W lutym 1946 jednostka przeniesiona została do Gdańska-Oliwy. W kwietniu 1949 batalion przeniesiony został do Elbląga, gdzie zajął koszary przy ulicy Mazurskiej. 12 października 1951 jednostka została uroczyście powitana w nowym garnizonie Tczew. W mieście oddział zajął koszary, w których do 1939 stacjonował 2 Batalion Strzelców.
12 marca 1961 na placu Hallera w Tczewie batalion otrzymał sztandar ufundowany przez społeczeństwo miasta Tczewa.
Batalion brał udział w akcjach przeciwlodowych i przeciwpowodziowych w rej. Tczewa, Krzybowy, Sztumu, Ostaszewa, Ichnowa, Starogardu Gdańskiego i Opalenia. Realizował różne prace na rzecz gospodarki: budowa mostu na Nogacie, udział w budowie dwóch pomników – jeden w Sztutowie (obóz koncentracyjny Stutthof) i drugi – czołgisty polskiego w Gdańsku. Jednostka pomagała w uruchomieniu elementów portów w Gdyni i Gdańsku.
13 września 1992 batalion przyjął dziedzictwo tradycji 16 Batalionu Saperów 16 Pomorskiej Dywizji Piechoty. Szef Wojsk Inżynieryjnych Warszawskiego Okręgu Wojskowego płk dypl. Ryszard Żuchowski, wręczył dowódcy batalionu, ppłk.