Jawny rozłam w Partii Federalistycznej i lepiej zorganizowana kampania Partii Demokratyczno-Republikańskiej przyczyniły się do porażki Adamsa.
Kandydaci Demokratyczni Republikanie
Federaliści
Przebieg głosowania Głosowanie powszechne odbyło się w dniach 2 – 13 listopada 1800 roku i wzięło w nim udział ok. 67 tys. osób. Jefferson uzyskał 61,5% poparcia wobec 38,5% dla Adamsa. W głosowaniu Kolegium Elektorów Jefferson i Burr otrzymali po 73 głosy (wymagana większość wynosiła 70 głosów). Kolejne miejsca zajęli John Adams (65 głosów), Charles Pinckney (64 głosy) i John Jay (1 głos). Spowodowało to precedensową sytuację, w której dwaj kandydaci otrzymują tę samą liczbę głosów. Kandydatem na prezydenta był Jefferson, jednak zgodnie z Konstytucją inicjatywa wyboru przeszła w ręce Izby Reprezentantów, która była wówczas zdominowana przez federalistów. Pierwsze głosowanie odbyło się 11 lutego 1801 roku i dało wynik remisowy, ponieważ zwolennicy Hamiltona chcieli zablokować kandydaturę Jeffersona. Po siedmiu dniach i 35 nierozstrzygających głosowaniach Hamilton postanowił oddać swój głos na Jeffersona.