W 1896 roku w miejscu tym powstała kolonia rolnicza niemieckiej organizacji chrześcijańskiej Templer (niem. Tempelgesellschaft). W 1916 roku ziemię odkupił od nich Żydowski Fundusz Narodowy, co umożliwiło dalszy rozwój osadnictwa żydowskiego w Dolinie Jezreel. Grupa założycielska kibucu składała się z żydowskich imigrantów z Polski i Rosji, którzy po 1919 roku przyjechali do Palestyny. W 1920 roku osiedlili się oni w rejonie kibucu Deganja Alef, gdzie przeszli szkolenie i zdobywali potrzebne doświadczenie. Utworzyli oni tymczasowy kibuc Deganja Gimel, który został jednak opuszczony ze względu na brak ziemi. We wrześniu 1922 roku grupa przeniosła się do Doliny Jezreel i założyła współczesny kibuc Ginnegar. W kolejnych latach dołączyli do nich imigranci Niemiec, Czechosłowacji i Stanów Zjednoczonych. W 1927 roku wybudowano pierwszy dom mieszkalny. W latach 1928–1932 przeprowadzono akcję zalesiania okolicznych zboczy górskich. W 1937 roku w wielkim pożarze spłonęło 33 tys. drzew. Podczas II wojny światowej kibuc był bazą kompanii szturmowych Palmach. W 2004 roku kibuc przeszedł przez proces prywatyzacji, zachowując kolektywną organizację instytucji kultury, edukacji i ochrony zdrowia. W 2009 roku w zachodniej części kibucu wybudowano nowe osiedle mieszkaniowe z 33 domami.