W tej strukturze organizacyjnej funkcjonował do 31 grudnia 1951 roku.
1 stycznia 1952 roku Wydział Matematyczno-Przyrodniczy podzielił się na dwa wydziały: Wydział Biologii i Nauk o Ziemi oraz Wydział Matematyczno-Fizyczno-Chemiczny.
W roku akademickim 1969/1970 wprowadzono ogólną reorganizację we wszystkich szkołach wyższych, w tym również w UMCS. W miejsce dotychczasowych katedr powstały zakłady. Utworzono także instytuty grupujące zakłady o tym samym lub podobnym profilu działalności. Utworzono więc na Wydziale Mat-Fiz-Chem 3 instytuty, a mianowicie: Instytut Matematyki, Instytut Fizyki i Instytut Chemii. Pierwszymi dyrektorami instytutów zostali: Instytutu Matematyki – prof. dr hab. Jan Krzyż, Instytutu Fizyki – prof. dr hab. Stanisław Szpikowski, Instytutu Chemii – prof. dr hab. Jarosław Ościk.
1 lutego 1989 roku Wydział Mat-Fiz-Chem podzielił się: Instytut Chemii utworzył samodzielnie Wydział Chemii, pozostałe zaś Instytuty: Matematyki i Fizyki utworzyły Wydział Matematyczno-Fizyczny.