Za udział w walkach został skazany na karę więzienia, którą odbywał w Poznaniu i Berlinie.
Praca organiczna (1864-1891) Gdy w 1864 zwolniono go, wrócił na parafię, gdzie zajął się organizacją spółdzielczości kredytowo-oszczędnościowej wśród średzkich rzemieślników i rolników. Zakładane kasy działały początkowo w ramach założonego przez niego stowarzyszenia, a następnie wyodrębniły się jako samodzielne spółdzielnie. Inicjatywa szybko rozwijała się obejmując kolejne miejscowości: Kostrzyn, Książ Wielkopolski i Jarocin. W 1872 wszystkie założone przez niego spółki połączyły się w Związek Spółek Zarobkowych i Gospodarczych, którego został patronem.
W okresie Kulturkampfu należał do grupy duchownych stawiających czynny opór polityce rządu niemieckiego, za co został w 1873 skazany na miesiąc więzienia w Kłodzku. Jeszcze podczas swojego pobytu w Środzie, a od 1886 w Ostrowie Wielkopolskim, gdzie otrzymał probostwo, Augustyn Szamarzewski odbywał liczne podróże integrując ruch spółdzielczy i szkoląc nowych członków. Swoje idee przedstawiał również w artykułach, które publikowano w „Dzienniku Poznańskim” i „Ruchu Społeczno-Ekonomicznym”.
Zmarł 8 maja 1891 w Ostrowie Wielkopolskim, gdzie został pochowany. Jego pogrzeb na Starym Cmentarzu stał się manifestacją patriotyczną.